| 1981년 | 3월 | 서울대학교 약학대학 부설 종합약학연구소 설립 | 
| 1983년 | 3월 | 재단법인 서울대학교 약학대학 교육연구재단 설립 | 
| 1992년 | 2월 | 약학연구관(29동) 준공(1,058평) | 
| 1997년 | 2월 | 동물실험 연구동(141동) 준공(330평) | 
| 3월 | 부설 종합약학연구소, 부속 종합약학연구소로 승격 | 
| 1998년 | 1월 | 학술진흥재단지원 대학 부설연구소 중점과제연구소로 선정 | 
| 12월 | 교육부지원 이·공계 대학연구소 기자재첨단화지원 연구소로 선정 | 
| 2000년 | 12월 | 제약실습동(142동) 준공(1,094평) | 
| 2002년 | 2월 | 서울대학교 설치령 개정으로 서울대학교 종합약학연구소로 명칭 변경 | 
| 2014년 | 5월 | 신약개발센터(143동) 준공(2,700평) | 
| 2017년 | 2월 | 실험동물실 이전 개관(143동) | 
| 2021년 | 7월 | 약학관(3) 20동 재건축 준공 | 
| 2022년 | 6월 | 교육부 한국연구재단 중점연구소 선정 |